Odborná knihovna provází činnost Slováckého muzea od jeho vzniku v roce 1914, kdy obsahovala 1 500 přírůstkových čísel. Postupně se rozšiřovala zvláště o odborné časopisy, ale i cenné knihy. V roce 1941 byl knihovní fond obohacen publikacemi muzeálního charakteru, vyčleněnými z místní knihovny v Uherském Hradišti. Cenné přírůstky do knihovny rovněž získalo muzeum ve stejném období darem od rodiny Stanclovy. Důstojného místa se dostalo knihovně v roce 1942 v nové budově ve Smetanových sadech. Zde byly knihy uloženy podle vědních oborů, dále archivní rukopisy, archivní knihy a protokoly. Postupně byl sestavován popisný lístkový seznam. V knihovně se nacházely zejména vlastivědné časopisy a regionální noviny (např. Moravská Slovač 1884–1889, Slovácké noviny 1890–1906). Byla založena registratura, do níž se sbíraly osobní zprávy, výstřižky, autogramy, podobizny umělců a spisovatelů majících vztah k našemu kraji.

Začátkem roku 1947 se v knihovně objevují další časopisy, např. Vlastivědný věstník moravský, Numismatické listy, Časopis vlastivědného muzejního spolku v Olomouci, Malovaný kraj či Sborník velehradský. V roce 1953 je knižní fond dále rozšířen dary jednotlivců a institucí o několik set knih a časopisů, v mnoha případech velmi cenných. V témže roce knihovna získává knihy Odborné knihvazačské školy v Uherském Hradišti, které jsou cenné zejména svou uměleckou vazbou. Jedná se o ročníky Bibliofila a různé tituly krásné literatury. Od roku 1954 probíhala další třídění a inventarizace knihovny. Detailní uspořádání věcného a jmenného katalogu skončilo v roce 1971. Zásadní přestavbu prodělala muzejní knihovna v letech 1995–1996, kdy došlo ke kompletnímu vytřídění, seřazení a inventarizaci knih, které byly následně počítačově zpracovány v systému CDS/ISIS. Pro nedostatek místa a vzhledem k formátovému stavění byla knihovna vybavena novými pojízdnými regály. Od září 2005 využívá knihovna nový knihovnický systém Clavius. Dokumentový fond je zpřístupňován prostřednictvím on-line katalogu, jehož součástí je i databáze ANAL (budovaná od roku 1995), zpřístupňující články z vybraných regionálních periodik a sborníků; rovněž jsou zpracovávány články z celostátních a zahraničních periodik vztahujících se k regionu. Tato databáze obsahuje v současné době přes 26 000 článků.

V průběhu let se odborná knihovna rozrůstala do celkového dnešního počtu více než 23 000 exemplářů publikací, ročníků periodik či katalogů. Stala se nepostradatelným zdrojem informací nejen pro muzejní pracovníky, ale i pro odbornou a laickou veřejnost. Svým zaměřením je přední odbornou knihovnou tohoto druhu v okrese a kvalitou fondu přesahuje hranice regionu. K prezenčnímu i absenčnímu studiu poskytuje badatelům dokumenty z oblasti archeologie, etnografie, historie a dějin umění. K dispozici je rovněž rozsáhlý fond regionální literatury.